As competições estaduais oficiais começaram em 1995 em que o Goiás disputou a primeira edição do Campeonato Brasileiro, sendo rebaixado 🍎 para a série B, após ter ficado em 1º lugar ante o Vasco da Gama no Couto Pereira-Superfície.
O time encerrou 🍎 na quinta colocação, ficando na segunda metade.
O clube esteve no acesso geral em 1996, quando terminou em 5º lugar, antes 🍎 de ser promovida para uma segunda divisão na temporada seguinte, em que foi promovido novamente para um grupo B, tendo 🍎 ficado na 6º posição.Na
temporada 1998 o clube retornou aos gramados novamente e venceu a divisão, garantindo a hegemonia na Série 🍎 A, para o qual conquistou pela primeira vez o acesso para a Série A de 1999, já sendo eliminado na 🍎 primeira fase.
Em 2001, o time voltou à elite em seu retorno para a elite depois de ter estado na terceira 🍎 posição de seu grupo.