No ano seguinte, o clube foi rebaixado à segundona regional da Série D de 2003.
Neste ano em diante, obteve apenas 2️⃣ um título, perdendo para o América-RN.
Logo, em 2004, foi rebaixado à Série B do Campeonato Gaúcho.
Em 2005, após pouco destaque 2️⃣ na Série B, o Alianense não conseguia chegar às oitavas-de-final da Copa do Brasil.
No ano seguinte, o Alianense caiu de 2️⃣ volta para a segunda rodada, perdendo em casa para o River Plate.